Может ли отец собственник квартиры выписать бывшую жену прописанную в этой квартире?

Самостоятельно - НЕТ. Но в судебном порядке - ДА, хотя может быть и не сразу. Но вот продать свою квартиру собственник имеет право ВСЕГДА, независимо от наличия в ней зарегистрированных граждан, в т.ч. и бывшей жены. А уж новому собственнику выселить бывших членов семьи гораздо проще, хотя и тоже в судебном порядке. Но в вопросе нет никакой информации о том, когда и как приобреталась в собственность отца эта квартира. Если на пример, в порядке приватизации или в период до расторжения брака, то у бывшей жены МОГУТ быть ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ права на проживание в этой квартире, даже вопреки желанию отца-собственника. Удачи.