Подскажите, как правильно оформить договор аренды, где арендная плата будет составлять только коммунальные услуги.

Не советую - с коммунальных услуг, хоть Вы их в руках и не держали (эти деньги) всё равно придётся Вам платить НДФЛ, т.к. это Ваша материальная выгода. Лучше договориться с арендаторами и составить Договоров безвозмездного пользования, а плату брать так, как это у нас в стране делают многие)