Можно ли зарегистрировать нотариальный договор в юстиции

"юстиция" никаких договоров не регистрирует.

соглашение о проведении перепланировки регистрации в принципе не подлежит. оно заключается в простой письменной форме и даже нотариальное удостоверение обязательным не является.
регистрации подлежат вновь созданные в результате перепланировки объекты права собственности, но делается это не на основании соглашения собственников, а на основании разрешения на перепланировку, технического плана и иных документов, подтверждающих тот факт, что перепланировка была фактически осуществлена на законных основаниях и в ее результате возникли иные объекты права собственности ( например, были выделены доли в натуре). сразу оговорюсь, что в квартирах выделение долей в натуре технически невозможно.
правом отчуждения своей доли собственник обладает в силу закона и без всякого соглашения о перепланировке.