Если собственник квартиры хочет продать квартиру, но в ней зарегистрирован родственник(не являющийся собственником)

Имеет право продать. Исключений только два: 1) дети, оставшиеся без попечения родителей и 2) лица, зарегистрированные в квартире до приватизации, отказавшиеся от участия в приватизации и продолжающие проживать (и быть зарегистрированными) в отчуждаемой квартире. В остальных случаях родственники отправляются куда хотят. Или добровольно, или в судебном порядке