Можно ли снять с регистрации через суд человека, который имеет право пожизненного проживания в квартире, но уже не живет

Это зависит от вполне конкретных обстоятельств. ну, например, этот человек заявит в суде, что с удовольствием проживал бы в этой квартире, если бы ему никто не препятствовал в этом - не создавал искусственных конфликтов, не устраивал провокаций, не портил личные вещи, не менял замки, не запирал бы месте общественного пользования и т. д. и т. п.