Обязан ли работодатель нумеровать трудовые договора? Или это не обязательно? Компания не большая, сотрудников мало.

Вопрос лишен смысла. номер договора значения не имеет ни какого. важно лишь форма и содержание, а в содержании главное - суть. более того, в силу ст 67 ТК РФ договор в письменной форме может отсутствовать в принципе.