Какие проблемы встречаются на этапе окончание предварительного расследования заранее благодарен

Смотря у кого? У органов следствия, например, основная проблема - завершить в установленный срок ознакомление обвиняемых и всех их адвокатов вместе с законными представителями (несовершеннолетних) при наличии ходатайства о совместном ознакомлении и явном затягивании процесса выполнения ст. 217 УПК РФ. Ну и, разумеется, чтоб прокурору дело "понравилось")